KHK ile ihraç edilen bireyler açısından pasaport iptalleri ve seyahat yasakları, herhangi bir yargı kararı veya bireysel değerlendirme yapılmaksızın uygulanan en ağır ve süreklilik arz eden hak ihlallerinden biri olmuştur.

Bu süreçte çok sayıda KHK’lının pasaportu idari işlemlerle iptal edilmiş, yeni pasaport başvuruları ise çoğu zaman gerekçe gösterilmeksizin ya da “güvenlik soruşturması” gibi soyut ifadelerle reddedilmiştir. Uygulama, yalnızca ceza soruşturması veya kovuşturması bulunan kişilerle sınırlı kalmamış; hakkında hiçbir adli işlem olmayan bireyleri de kapsayacak biçimde genişletilmiştir. Sonuç olarak pasaport kısıtlamaları fiilî bir yurt dışına çıkış yasağına dönüşmüş, eğitim, çalışma, tedavi ve aile birleşimi gibi temel ihtiyaçlar dahi bu yasakların dışında bırakılmamıştır.

Pasaport kısıtlamalarının en sorunlu yönlerinden biri, süre bakımından belirsiz ve fiilen süresiz hale gelmiş olmasıdır. OHAL’in sona ermesine rağmen, KHK’lıların pasaportlarına ilişkin idari kısıtlamalar devam etmiş; bu durum seyahat özgürlüğünün geçici bir tedbir olmaktan çıkarak kalıcı bir cezalandırma aracına dönüştüğünü göstermiştir. Ayrıca, pasaport iptalleri yalnızca ihraç edilen bireylerle sınırlı kalmamış; eşler ve çocuklar da fiilen bu kısıtlamalardan etkilenmiş, aile bireylerinin birlikte seyahat etmesi veya yurt dışında yaşayan yakınlarla temas kurulması engellenmiştir.

Bu uygulamalar, Anayasa’nın 23. maddesiyle güvence altına alınan yerleşme ve seyahat özgürlüğü ile Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin 2 No’lu Protokolü’nde düzenlenen seyahat özgürlüğü hakkına açıkça aykırıdır. AİHM içtihadına göre, seyahat özgürlüğüne getirilen sınırlamaların kanuni, öngörülebilir, ölçülü ve demokratik toplum düzeninde gerekli olması gerekirken; KHK sürecinde uygulanan pasaport kısıtlamaları bu kriterlerin hiçbirini karşılamamaktadır. Sonuç olarak pasaport iptalleri, hukuki bir güvenlik tedbiri olmaktan ziyade, bireyleri ülke sınırları içinde tutmayı amaçlayan kolektif ve cezalandırıcı bir kontrol mekanizması niteliği kazanmıştır.